Приложенията в Qubes са разделени на класове в зависимост от приоритета на задачата и от важността на обработваните данни. Всички приложения са достъпни от един общ десктоп, а програмните прозорци на различните класове приложения са оцветени с различен цвят. Приложенията имат достъп за четене от базовата файлова система и от локалното хранилище, което няма нищо общо с другите локални хранилища.
За формиране на виртуални обкръжения се използват стандартните пакети на Fedora и Debian, вече са подготвени шаблони за Whonix, Ubuntu и Arch Linux. Потребителският интерфейс се базира на KDE.
През месец октомври тази година ще започнат тестовете на версия Qubes 3.1, в която ще се появи поддръжката на UEFI, а Live USB дисковият образ ще бъде по-стабилен от сегашната алфа-версия.